« Deux jours avant les vacances d'été... je crois que je suis mort. » C'est ce qu'a pensé Tasuku le jour où un de ses camarades de classe lui a piqué son smartphone, alors qu'il était en train de regarder une vidéo porno gay dessus. La rumeur s'est répandue comme une traînée de poudre. Tasuku pense alors à se suicider, ne pouvant supporter cette réalité dont il n'avait pas encore complètement conscience lui-même, mais craignant aussi le regard de la société. Pourtant, alors qu'il s'apprête à sauter dans le vide, il aperçoit, au loin, une mystérieuse silhouette de jeune femme qui le devance et... saute dans le vide ?! Intrigué, terrorisé, il s'élance vers l'endroit d'où elle a sauté. Il y découvre, stupéfait, que la jeune femme est encore en vie, et qu'elle est l'hôte d'une sorte de résidence associative, véritable safe space où se réunissent diverses personnes LGBT. De rencontre en rencontre, le jeune lycéen va apprendre à se connaître, à s'accepter, et trouver sa place dans le monde.
Au contact des membres du salon de discussion, Tasuku a fini par s'accepter, mais surtout par accepter l'amour qu'il éprouve. Pour autant, il ne sait pas encore comment il doit se comporter au quotidien, auprès de ses camarades, mais surtout auprès de celui qu'il aime. Au contact de Misora, plus jeune membre du salon, mais aussi porteur d'un "secret" compliqué, le lycéen va continuer à se poser des questions...
Tasuku a bien du mal à comprendre la réaction de Misora, et depuis leur dispute, il n'a plus aucune nouvelle... Mais le lycéen n'a pas de temps pour tergiverser, car déjà s'annonce la reprise des cours. C'est presque apaisé qu'il envisage désormais son quotidien. Pourtant, la destin lui réserve une curieuse surprise : Tsubaki va découvrir son implication au sein du comité des chats... Comment réagir ? Pendant ce temps, une vieille connaissance d'Utsumi fait son apparition...
Au nom de la famille Shimizu, Raimei et Raiko ont décidé de détruire le Shinrabansho une bonne fois pour toutes. D'autres, au contraire, veulent utiliser l'effroyable technique secrète pour arriver à leurs fins. C'est notamment le cas de Koichi et Shijima, qui voudraient être libérés de leur immortalité. L'affrontement entre Koichi et Raimei est-il inévitable ? De son côté, Thobari a terminé de mettre au point le Zeku, la technique qui permettra d'effacer le Shinrabansho du corps de Miharu. Mais avant de le mettre à exécution, il doit révéler au garçon la vérité sur les événements qui, il y a dix ans, ont été effacés de toutes les mémoires...
Totalement indifférent à tout ce qui l'entoure, Miharu Rokujô est un collégien sans histoire. Mais un jour, les Kairoshû, ninjas issus du très ancien clan Iga, tentent de l'enlever. Sauvé de justesse par des membres de son école qui se révèlent être eux même des combattants hors pair, le jeune garçon apprend que son corps renferme les écrits du «Shinrabanshô», la plus puissante technique jamais mise au point par les ninjas du monde secret de Nabari.
Devenu du jour au lendemain le garçon le plus convoité et potentiellement le plus puissant du monde, parviendra-t-il à retrouver la vie tranquille dont il rêvait ?
Il s'avère très vite que, pour séparer le shinrabanshô du corps de Miharu, les Kairôshu ont décidé de mettre la main sur les techniques secrètes de tous les clans ninjas. Mais le plus terrifiant, pour les membres du club de nindo de banten, c'est de découvrir que leurs alliés, autant que leurs ennemis, sont prêts à tout pour arriver à leurs fins.
Quand il s'avère que protéger la vie de Miharu n'est pas une priorité pour grand monde, ils se retrouvent soudain étonnament seuls...