Après avoir appris que le Shinrabanshô avait rendu Kôichi immortel, Thobari est plus déterminé que jamais à défendre jusqu'au bout ses convictions et à empêcher quiconque d'utiliser le Shinrabanshô. Pour cela, il décide de disparaître avec l'Engetsurin, la dernière des cinq grandes techniques interdites. De son côté, Yukimi prend conscience qu'il s'est attaché à son coéquipier Yoite, mais celui-ci continue de rester muet quant à son passé, et il ne lui reste plus beaucoup de temps à vivre. Après avoir réuni des informations sur son protégé, il décide de partir tout seul à la recherche de la vérité.
Miharu a décidé de quitter le village de Bantan pour rejoindre les rangs de ses anciens ennemis, les Kairôshû.
Il veut apprendre à maîtriser le Shin rabanshô pour aider Yoite. Les quatre Kairôshû, Yukimi, Yoite, Raikô et le petit nouveau Miharu, se rendent donc au village de Kôga, où ils ont été invités à une réunion sur l'avenir de Nabari. Ils ignorent que ceux de Bantan et de Fûma seront aussi présents.
Le rouleau de la technique interdite du Daya est détenu par le clan Kôga, une des cinq grandes forces du monde de Nabari qui s'est établie au coeur de l'Académie Alya. Le conseil des élèves de l'académie a rassemblé plusieurs jeunes ninjas de Banten et des Kairôshû afin d'organiser une réunion d'échange d'opinions. Le combat va alors commencer, chacun cherchant à mener à bien ses propres intentions : Miharu et Yoite veulent trouver la clé qui leur permettra d'utiliser le Shinrabanshô ; Thobari veut empêcher Miharu de déclencher la fameuse technique secrète ; Raikô voudrait pouvoir soigner Gau qu'il a lui-même gravement blessé avec son sabre ; le professeur Kannuki de l'Académie Alya veut assouvir ses ambitions ; quant aux membres du conseil des élèves, ils voudraient pouvoir sauver le directeur de l'académie rongé par la maladie. Le Daya est cependant un remède universel tabou. Qui réussira à s'en emparer le premier ?!
Miharu et Thobari affrontent Yoite et Yukimi pour remplir la mission que leur a confiée Yae Oda, la chef du clan Tokaguchi. Celle-ci vient d'utiliser l'Izuna Shingan sur Yoite qui, confus et effrayé, est sur le point de perdre le contrôle !
A moins que Miharu décide d'intervenir
Yoite a utilisé le Kira contre Hattori, et s'est enfui avec Miharu. Raikô a reçu l'ordre d'abattre Yukimi, considéré comme un traître parce qu'il s'est pris d'affection pour son protégé. De leur côté, Kôichi et Raimei tentent par tous les moyens de sauver Miharu des tueurs du KASA, avec les kairoshû ont lancés à leurs trousses. Mais ils n'ont pas conscience qu'une seule chose peut encore sauver Yoite, à qui il ne reste que quelques heures à vivre : utiliser le Shinrabanshô !
Raimei a perdu son combat contre son frère Raiko, assassin à la solde des Kairôshû. Elle est gravement blessée, et s'est fait prendre le Gamon Noir de la famille Shimizu.
Miharu a pris la décision d'utiliser la technique secrète du Shinrabanshô afin d'aider Yoite, soit à disparaître, soit à survivre au Kira qui consume progressivement son énergie vitale. Mais Thobari ne laissera pas Miharu prendre le risque de libérer la puissance ultime.
Pour récupérer le rouleau du clan Togakushi, les ninjas du village de Banten acceptent de commettre un assassinat pour le compte de leur chef. Mais rien n'est moins simple que d'accomplir une mission quand elle s'oppose à vos principe et que tout le monde, parmis vos alliés comme parmi vos ennemis, protègent des intérêts personnels parfaitement contradictoires.
C'est au milieu d'un tel désordre que le professeur Thobari Kumohira entraîne sa petite équipe, au risque d'avoir quelques surprises !
Thobari a enfin révélé la vérité et chacun a retrouvé ses souvenirs : dix ans plus tôt, alors qu'elle cherchait à éliminer le Shinrabanshô, Asahi a enfreint l'interdit pour ressusciter son fils Miharu, assassiné par Kotarô Fuma.
Mais alors que l'heure est venue de faire disparaître la technique secrète, l'histoire se répète, et un ultime combat s'engage, qui scellera le destin des ninjas de Nabari.
Entre Kôichi, qui veut perdre son immortalité à tout prix, et Raimei, qui refuse que le Shinrabanshô soit à nouveau utilisé, l'affrontement est-il inévitable ? Thobari a terminé de mettre au point le Zekû, la technique de détachement qui permettra d'extraire le Shinrabanshô du corps de Miharu. Mais avant ça, le moment est venu pour Thobari de révéler à Miharu la vérité sur les événements qui ont eu lieu il y a dix ans et qui ont été effacés de toutes les mémoires
Le Shinrabanshô a été utilisé et quelque chose a été perdu. Mais quoi ? Personne ne semble savoir d'où provient ce vide que certains ressentent parfois. Tiraillé par ce sentiment de perte, Miharu se retrouve plongé dans la peur et le désespoir.C'est alors que Thobari réapparaît. Pendant son exil, il a fait de nombreuses recherches sur le Zekû, une technique susceptible d'extraire le Shinrabanshô du corps de Miharu. Autour de lui, de nombreux ninjas se rassemblent pour faire disparaître une bonne fois pour toutes ce pouvoir qui dépasse l'entendement humain. Mais le jeu complexe des désirs et des craintes risque de leur rendre la tâche très difficile.
Au nom de la famille Shimizu, Raimei et Raiko ont décidé de détruire le Shinrabansho une bonne fois pour toutes. D'autres, au contraire, veulent utiliser l'effroyable technique secrète pour arriver à leurs fins. C'est notamment le cas de Koichi et Shijima, qui voudraient être libérés de leur immortalité. L'affrontement entre Koichi et Raimei est-il inévitable ? De son côté, Thobari a terminé de mettre au point le Zeku, la technique qui permettra d'effacer le Shinrabansho du corps de Miharu. Mais avant de le mettre à exécution, il doit révéler au garçon la vérité sur les événements qui, il y a dix ans, ont été effacés de toutes les mémoires...
Totalement indifférent à tout ce qui l'entoure, Miharu Rokujô est un collégien sans histoire. Mais un jour, les Kairoshû, ninjas issus du très ancien clan Iga, tentent de l'enlever. Sauvé de justesse par des membres de son école qui se révèlent être eux même des combattants hors pair, le jeune garçon apprend que son corps renferme les écrits du «Shinrabanshô», la plus puissante technique jamais mise au point par les ninjas du monde secret de Nabari.
Devenu du jour au lendemain le garçon le plus convoité et potentiellement le plus puissant du monde, parviendra-t-il à retrouver la vie tranquille dont il rêvait ?
Il s'avère très vite que, pour séparer le shinrabanshô du corps de Miharu, les Kairôshu ont décidé de mettre la main sur les techniques secrètes de tous les clans ninjas. Mais le plus terrifiant, pour les membres du club de nindo de banten, c'est de découvrir que leurs alliés, autant que leurs ennemis, sont prêts à tout pour arriver à leurs fins.
Quand il s'avère que protéger la vie de Miharu n'est pas une priorité pour grand monde, ils se retrouvent soudain étonnament seuls...